Nach den Vorkommnissen in Halo 1 - Kampf um die Zukunft wird SPARTAN-117 auf der Weltraumverteidigungsstation Cairo innerhalb des Erdorbits als Held gefeiert und die Tochter des Kommandeurs der Pillar of Autumn, Miranda Keyes, erhält die Tapferkeitsmedaille für ihren Vater. Gleichzeitig wird im Hauptquartier der Allianz, der Stadt High Charity, der Anführer ihrer Flotte in einem Schauprozess zum Tode verurteilt. Der Grund dafür ist, dass er den heiligen Halo-Ring nicht vor der Vernichtung durch SPARTAN-117 schützen konnte. Noch während der Feierlichkeiten wird allerdings die Weltraumverteidigungsstation von der Allianz angegriffen.
Isaacs Mutter erhält von Gott den Befehl, ihren Sohn zu opfern. Um sich zu retten flieht Isaac daraufhin in den Keller, welcher voller Monster ist, die ihn töten wollen.
Das Luftschiff IFS Zephyr befindet sich gerade auf dem Weg von Caladon nach Tarant, als es von unbekannten Fliegern angegriffen und abgeschossen wird. Nach dem Absturz bekommt man, von einem Sterbenden alten Gnom, noch einen Ring übergeben, welchen man einem Jungen übergeben soll und ist anschließend die einzige Überlebende des Unglücks.
Eine unbekannte Gruppierung greift die Stadt Silverfall an und vernichtet sie dabei fast vollständig. Ein Teil der Stadtbewohner, und man selbst, kann allerdings entkommen und versucht nun in der Wildnis zu überleben, Verbündete zu finden und ihre Stadt neu aufzubauen.
Das menschliche Königreich Myrtana liegt im Krieg mit den Orks und Waffen aus magischem Erz haben eine kriegsentscheidende Bedeutung. Dieses Erz existiert allerdings ausschließlich auf der Insel Khorinis, auf welcher König Rhobar II. eine Gefängniskolonie um das Abbaugebiet errichten ließ. Weiterhin veranlasste der König die Errichtung einer magischen Barriere um das ganze Gebiet, die zwar das Eintreten zulässt, jedoch jeden tötet, welcher sie wieder verlassen will. Bei der Errichtung ereignete sich allerdings ein unerklärbarer Fehler, wodurch sich die Barriere weiter als geplant ausdehnte und sowohl das ganze Tal, als auch die Magier einschloss. In der kurz darauf folgenden Revolte, überwältigten die Gefangenen die königlichen Wachen und fingen anschließend an, mit dem König um das Erz zu verhandeln. Sie bauen weiterhin Erz ab und werden dafür vom König nach ihren Wünschen versorgt. Und in eben jener Barriere landet man nun.
Zwanzig Jahre nach der erfolgreichen Suche nach dem Amberstar hatte sich die Abenteurerin auf einem Stück Land niedergelassen, das ihr als Belohnung für ihre heldenhaften Taten geschenkt wurde. Sie heiratete und sie bekamen eine Tochter, die, nachdem sie in sorgenfreier Jugend aufgewachsen war, ebenfalls heiratete und nach Twinlake, der größten Stadt Lyramions, zog. Bald danach bekam sie ein Kind. Doch das Glück ihres Lebens währte nicht mehr lange. Die Taten Marmions machten sich genau jetzt, nach all den Jahren bemerkbar, der Gott des Chaos drohte sich zu befreien. Die begonnenen Beschwörungen hatten den roten Mond aus seiner Bahn geworfen und an einem schicksalhaften Tag fiel er auf Lyramion. Unter großer Gefahr suchte die Heldin von Amberstar ihre Tochter auf und rettet das Kind aus dem Chaos der Zerstörung von Twinlake. Wochenlang erschütterten Erdbeben Lyramion, Vulkane brachen aus und verwüsteten das Land. Lyramions wurde bis zur Unkenntlichkeit verändert, die Kontinente wurden in kleine Inseln aufgebrochen und große Mengen von Staub verdunkelten für Jahre den Himmel Lyramion. Die meisten Städte und Dörfer wurden zerstört. Der Handel brach zusammen. Mehrere Jahre später. Langsam erholt sich die Zivilisation. Mehrere Städte wurden wiederaufgebaut, das Leben kehrt zur Normalität zurück. Die Heldin von Amberstar hat überlebt und ihr Enkelkind allein aufgezogen. Doch ihre Zeit scheint gekommen. Im Alter von nun mehr als achtzig Jahren liegt sie in ihrem Bett und wartet darauf, das Reich Balas, des Gottes des Todes zu betreten. Doch bevor sie stirbt, schickt sie ihr Enkelkind noch auf eine wichtige Mission.
Tar ist anders als alle anderen Kinder. Er wurde als Kind im Wald gefunden und wird von allen gehänselt. In einem Streit mit seinem größten Rivalen, tötet er diesen unabsichtlich mit Hilfe von Magie. Daraufhin wird er von seinen Zieheltern an einen alten Magier abgegeben. So gelangt er schließlich zur Gilde der schwarzen Magier, wo er seine Ausbildung zum Magier beginnt. Aufgrund diverser Vorfälle verfällt er schließlich dem unstillbaren Ehrgeiz den Fürsten der Hölle persönlich zu bezwingen. Während Konfrontation zwischen den Beiden findet Tar heraus, dass der Fürst der Hölle in Wahrheit sein Vater ist. Jedoch will er dies nicht akzeptieren, und im darauffolgenden Kampf zwischen den beiden kann keiner den Sieg erringen. Thornahuun, Fürst der Hölle, gelingt es schließlich die Kontrolle über Tars Geist zu erlangen, indem er seine Seele mit der seines Sohnes verbindet. So entsteht nun Tarbos, Gott des Chaos, welcher nun versucht das Land Lyramion unter seine Herrschaft zu bringen. Viele tapfere Krieger und mächtige Magier müssen ihr Leben lassen bevor es dem König des Landes, seiner Tochter und den 12 letzten Magier gelingt, Tarbos in eine Falle auf der Burg Godsbane zu locken. Hier wird er mit Hilfe des Amberstars, einem magischen Kristall, auf den dritten Mond von Lyramion verbannt. Danach wird die Burg Godsbane magisch versiegelt und der Amberstar, der Schlüssel zur Burg, in 13 Teile zerbrochen, die jeweils an geheimen Orten versteckt werden. Weiterhin wird die Gilde der Paladine gegründet, um zu verhindern, dass jemand das Siegel bricht und Tarbos befreien kann. 1000 Jahre später, als kaum noch einer an die Geschichte von Tarbos glaubt, tritt dieser Fall ein. Der Bruder von Thornahuun, Bralkur, dringt mit Hilfe des schwarzen Magiers Marmion in die Feste Godsbane ein, und will Tarbos befreien. Mit gemeinsamen Kräften sind sie in der Lage das Siegel zu umgehen und beginnen nun einen langwierigen Ritus zur Befreiung von Tarbos. Nur eine Gruppe mutiger Abenteurer kann Marmion aufhalten. Und er muss aufgehalten werden, denn seine Kräfte reichen aus das Ritual durchzuführen, dass Tarbos nach Lyramion zurückbringen wird. Um Marmions Vorhaben zu verhindern, müsst ihr Godsbane betreten. Bralkurs Sprungfeld führte durch das dämonische Reich, doch für Euch existiert dieser Weg nicht mehr. Ihr müsst also die dreizehn Teile des Amberstars finden. Einige sind verloren gegangen, andere werden immer noch bewahrt. Ihr werdet überall in Lyramion Hinweise finden. Wenn ihr die Einzelteile gefunden habt, müsst Ihr den Amberstar an einem bestimmten Ort wieder zusammensetzen. Doch keiner kennt diesen Ort. Nun nehmt meinen Segen und geht. Wisset, dass ich Euch helfen werde, wenn Ihr mich wirklich braucht. Das Glück sei mit Euch!